Царь Василий Иванович прислал в монастырь небольшой отряд под начальством воевод Алексия Голохвастова и князя Долгорукого-Рощи. Кроме того, монастырь вооружил всех своих слуг, служебников и крестьян, и даже братия взялась за оружие. Так что число защитников набралось до 2400 человек. Собралось под защиту монастыря также и всё ближайшее население (между ними были старцы, женщины и дети), что сильно осложняло положение и затрудняло защиту. Враги заняли все дороги, ведущие к монастырю, своими заставами.
    Со своей стороны, осажденные энергично готовились
к обороне. Воеводы, совместно с архимандритом и соборными старцами, привели всех защитников к крестному целованию у Раки Преподобного Сергия с обещанием крепко и непоколебимо стоять против врагов. «И оттоль, — пишет в своём сказании знаменитый келарь Троицкой Лавры Авраамий Палицын, — бысть во граде братолюбие велие и вси со усердием без измены ратовахуся со враги».
    Сказание об осаде монастыря повествует о многократных явлениях Преподобного Сергия архимандриту Иосафу и пономарю Иринарху с предупреждениями об опасности и обещаниями помощи.
    29 сентября воевода Пётр Сапега и Александр Лисовский прислали в монастырь две грамоты воеводам и архимандриту Иосафу с требованием сдачи и обещанием награды в случае покорности и угрожая лютой смертью всем сопротивляющимся. Но слова польско-литовских военачальников «пали, как ветер на скалу Троицкую». Воеводы и архимандрит Иосаф послали врагам суровый и решительный отказ. Жестокая борьба началась.
    30-го сентября враги повели на монастырь приступ со всех четырёх сторон. Вражеская артиллерия осыпала монастырь ядрами. Но Преподобный хранил Обитель свою. Ядра упадали в пустые места или в пруд и сравнительно мало вреда причиняли осаждённым. После длительного и жестокого боя враг отступил с большими потерями. Враги решили перейти к правильной осаде крепости и, установив орудия, укрепив их рвами и окопами, начали обстрел монастыря из 63-х орудий.
    Немало приступов было сделано врагами, и неизменно Преподобный в видениях предупреждал о каждой опасности. Так, накануне одного сильного приступа пономарь Иринарх видел, как Святой Сергий ходил по ограде и кропил её святой водой. Защитники, предупреждённые таким чудесным образом, окрылялись духом и неизменно отбивали все нападения, нанося существенный урон неприятелю. Отчаявшись взять монастырь приступом, враг стал вести подкоп под монастырь. Осаждённым стало известно о подкопе под стены монастырские. Каждую минуту им грозила страшная гибель.
    В эти тяжкие дни Преподобный Сергий явился архимандриту Иосафу. После усердной молитвы Иосаф впал в дремоту, и вот видит он, что Преподобный с воздетыми руками слёзно молится. Окончив молитву, он обратился к Иосафу и сказал ему:
    – Встань, брат, бдите и молитеся, да не внидите в напасть.
    Следовавшая за этим вылазка дала первые сведения о подкопе. Вскоре после этого архимандрит Иосаф вновь имел видение. Совершая у себя в келии правило, он задремал, и вот снова приходит к нему Преподобный и говорит:
    – Встань, не скорби, но в радости вознеси молитвы, ибо о всех вас молится Богу Пресвятая Богородица...
    Последовавшая за этим видением вылазка 9 ноября оказалась чрезвычайно удачной для защитников: было обнаружено устье подкопа. Два крестьянина подмонастырского села Клементьева, Никон Шилов и Слота, взорвали подкоп, геройски пожертвовав собою для спасения Обители. Так, дозором Преподобного, осаждённым ещё раз удалось избежать страшной гибели.
    В эти грозные дни Преподобный Сергий являлся не только бывшим в святой Обители, но также и тушинским казакам, осаждавшим Лавру. Один казак из неприятельского войска пришёл в монастырь и рассказал о явлениях Преподобного.
    Многие из них видели, как по монастырским стенам ходили два светозарных Старца, похожие по описанию на чудотворцев Сергия и Никона. Один из них кадил монастырь, другой кропил его святой водою. В одну ночь Преподобный явился во сне многим врагам и предрёк им гибель. Некоторые казаки, устрашённые этими явлениями, оставили лагерь врагов и ушли домой.
    Между тем, наступила зима и заставила врагов прекратить частые нападения. Но обрушилась новая беда. От тесноты, грязи, дурной пищи и загрязнённой воды в монастыре развилась цинга. Небольшие силы защитников уменьшались с каждым днём, могущих носить оружие осталось не более тысячи. Но дивно хранима была Обитель Преподобного!
    Всё же, но мере поредения рядов защитников, уныние начало овладевать слабейшими и стали даже раздаваться голоса, что лучше сдаться врагу добровольно, ибо нельзя уже послать в Москву за помощью, которая бы подоспела к весне, к возобновлению военных действий.
    И снова, по преданию, Преподобный, чтобы поддержать мужество и ободрить малодушных, явился пономарю Иринарху и сказал ему:
    – Скажи братии и всем ратным людям: зачем скорбеть о том, что невозможно послать весть в Москву? Сегодня, в третьем часу ночи, я послал от себя в Москву, в дом Пречистой Богородицы и ко всем Московским чудотворцам, трёх моих учеников: Михея, Варфоломея и Наума. Враги видели посланных, спросите: почему они не схватили их?
    Иринарх рассказал об этом видении. Все стали расспрашивать стражу — не видел ли кто посланных из монастыря? Выяснилось, что неприятельская стража действительно видела трёх старцев и стала их преследовать, надеясь быстро настигнуть их, так как кони под старцами были очень плохи. Но преследовавшие обманулись: кони под старцами неслись, как будто крылатые. Враги не смогли нагнать их.
    В это время в Обители был один больной старец. Услыхав о чуде, он стал размышлять, на каких таких конях были посланные Сергием старцы и действительно ли всё это было? Тогда явился ему Преподобный и сказал, что он послал старцев на трёх слепых лошадях, которые вследствие недостатка корма были выпущены за монастырскую ограду. После чего он исцелил старца от болезни и вместе с тем от неверия.
    По преданию, в этот самый день в Москве видели едущего старца, за которым следовало двенадцать возов, наполненных печёным хлебом. Москва тогда тоже была осаждена врагами и терпела нужду в хлебе. Старец с возами и спутниками направлялся к Богоявленскому монастырю, где тогда было лаврское подворье. Видевшие это дивились и недоумевали:
    – Кто этот Старец и его спутники, и как прошли они сквозь неприятельское войско?
    Старец же приветливо отвечал:
    – Всё из дома Пресвятой и Живоначальной Троицы.
    Когда же его спросили, что происходит в Обители Преподобного Сергия, старец отвечал:
    – Не предаст Господь имени своего в поношение, только сами вы, братие, не смущайтесь и не предавайтесь отчаянию.
    Между тем, по Москве стал распространяться слух о прибывших из Обители Сергия. Сам царь Василий спрашивал, почему к нему не привели их? Множество народа стало стекаться к Богоявленскому монастырю, но там никто не видел прибывших. Когда же в этом монастыре оказалось вдруг большое изобилие хлеба, тогда поняли, что то было явление Преподобного Сергия.
    Так в народном сознании преломлялась духовная помощь Преподобного.
    А к весне 1609 года царь Василий мог послать в Троицкую Обитель небольшой отряд казаков под началом атамана Остакова, к которому келарь Авраамий присоединил двадцать человек монастырских слуг из Богоявленского монастыря.
    В мае возобновились военные действия под Троицким монастырём. Враги снова произвели на стены монастырские приступ, который был отбит с большим уроном. В июле приступы возобновились и снова были отбиты, несмотря на то, что в последнем нападении принимал участие пришедший с новыми силами пан Зборовский, похвалявшийся одним ударом взять «лукошко», как он называл Троицкую крепость... А в это время к монастырю, наконец, приближался избавитель, князь Скопин-Шуйский, шедший с сильным войском на освобождение Москвы от тушинцев.
    Заступничество Преподобного Сергия спасло его Обитель от разорения. Разбитые несколько раз после шестнадцатимесячной осады враги, в страхе перед наступившим на них войском князя Скопина-Шуйского, отступили от стен Троицкой Лавры.
    Доблестной защитой монастырской крепости не была исчерпана служба Троицкой Обители Земле Русской в тяжкие годы Смутного времени. Во время осады, когда и сама Москва была стеснена тушинцами и в ней начался сильный недостаток и дороговизна на съестные припасы, находившийся в Москве келарь Авраамий Палицын выпускал на рынок по дешёвой цене из монастырских житниц сотни четвертей ржи и тем заставлял хлеботорговцев понижать цену на хлеб.
    А в тяжёлый 1611-й год, когда наступил самый критический момент во внутренней истории Московского Государства, когда захватившие Москву поляки и их русские приспешники стали жестоко угнетать Русь и угрожать всему национальному быту, когда в отчаянии за будущую судьбу своей Родины люди терялись среди ужасающих событий и не знали, откуда ждать помощи, тогда из стен Троицкой Обители раздался набатный звон по всей Руси.
    Доблестный Троицкий архимандрит Дионисий и келарь Авраамий Палицын рассылали из монастыря по всем городам пламенные грамоты с призывом к русским людям подняться на защиту веры и отечества и освободить от врагов Московское Государство.
    Эти пламенные грамоты и те необычайные видения, всегда связанные с обликом Преподобного Сергия, начавшие проявляться повсеместно среди людей самого различного положения, вызвали в народе подъём религиозного чувства величайшего напряжения, при котором чудо освобождения и очищения Московского Государства сделалось возможным.
    Так, один из главных героев освобождения Козьма Минин указывал, что источник его решимости поднять ополчение таился в чудесном троекратном ему видении Преподобного. В сонном видении явился ему великий Чудотворец и велел собирать казну для ратных людей и идти с ними очищать Государство Московское от разбойников. Пробудившись, Козьма в страхе стал размышлять о видении, но, полагая, что собирание войска не его дело, не знал, на что решиться.
    Спустя немного времени Преподобный вторично явился ему, но и после того Козьма пребывал в нерешительности.
    Тогда Преподобный в третий раз явился ему и сказал:
    – Не говорил ли я тебе, чтобы ты собирал ратных людей, чтобы ты шёл на освобождение Земли Русской от врагов. Не бойся того, что старшие не пойдут за тобою, младшие охотно исполнят это, и благое дело будет иметь добрый конец.
    Последнее видение повергло Козьму в такой трепет, что он даже занемог, но больше сомневаться уже не мог и ревностно принялся за Указанное великое дело.
    Так рассказывается знаменательный момент русской истории.
    После окончательного очищения Московского Государства от врагов раннею весною 1613 года новоизбранный царь Михаил Фёдорович, направляясь из Костромы в Москву, прибыл в Обитель Троицкую, где и остался неделю, укрепляясь молитвою у гроба Преподобного Сергия на подвиг великого царского служения.
    Славная же Обитель Троицкая, столь много претерпевшая в Смутное время и сослужившая такую великую службу Русской Земле, стала быстро оправляться от причинённых ей потерь и разорений, как и прежде привлекая к себе несчётное множество богомольцев и посетителей. Цари московские совершали богомольные походы к Троице. Восточные Патриархи, приезжавшие на Русь, также посещали знаменитую Обитель и поклонялись её Святыне. Народ русский — от сильных мира сего до последнего нищего — на протяжении столетий непрерывной вереницей шёл на поклонение ко гробу Чудотворца Сергия, и чистые сердца находили ответ на моления свои и получали радость духовную и исцеление немощам своим.
    Святыня Троицкой Обители — образ Явления Божией Матери Святому Сергию — сопутствовала русским войскам
и в войнах с Польшей и Литвой при царе Алексее Михайловиче.
    В 1656 году царь Алексей Михайлович прислал в монастырь Троицкий грамоту, в которой он приносил горячую благодарность «великому Отцу и Чудотворцу, Заступнику и крепкому Молитвеннику и скорому Помощнику Преподобному Сергию за успехи русского оружия в войнах с Польшей за освобождение Малороссии».
    В самом конце XVII века Сергиева Обитель ещё раз спасла Россию от новой великой смуты, сохранив жизнь будущего преобразователя России — Петра Великого.
    В сентябре 1682 года царевичи Иоанн и Пётр и сестра их София, спасаясь от мятежного князя Хованского и его стрельцов, укрылись в Троицком монастыре. Тем временем были посланы воззвания во многие города к ратным людям с призывом идти под Москву на защиту царской семьи. В Троицком монастыре собрались тысячи верных воинов. Князь Хованский был схвачен и казнён, после чего мятежники изъявили покорность.
    Через семь лет, в ночь на 8 августа 1689 года, царь Пётр Алексеевич, спасаясь на этот раз от злоумышления на его жизнь со стороны царевны Софии и стрельцов, прискакал из подмосковного села Преображенского в Троицкую Обитель искать помощи и защиты. Два месяца пробыл царь Пётр в стенах Троицкой Обители. Снова собирались войска, верные царю, и мятежники снова должны были покориться, и порядок государственный был восстановлен.
    Троицкая Обитель, постоянно являвшаяся оплотом против врагов Государства, также нередко предоставляла свою казну в распоряжение Государево. Так, наибольшие суммы были отпущены Троицкой казной во время царствования Петра на корабельное строение, на ратных людей и другие государственные нужды.
    «Церковное богатство — нищих богатство», — говорилось в старину, и богатствами Троицкой Обители в течение многих веков пользовались, как мы видим, русские люди — от царя до последнего нищего...
    Великое почитание Святыни Троицкой продолжалось и при следующих императорах и императрицах, все они приходили на поклонение ко гробу Святого Сергия. Так, в 1877 году император Александр II, решив поднять оружие за освобождение балканских славян, посетил Лавру Преподобного Сергия, чтобы испросить у великого Заступника и Покровителя Земли Русской благословение на предпринимаемый им Подвиг. Из рук митрополита принял икону Явления Божьей Матери Преподобному для препровождения её в действующую армию.
    В 1892 году Троице-Сергиева Лавра торжественно праздновала 500-летие со дня смерти своего великого Основателя, а через 25 лет вновь пришли для всей Русской Земли тяжкие времена скорби и гонения. Богоборческий развал, повергнувший Россию, разрушительно коснулся и святой Троицкой Обители.
    Она закрыта, и кощунственные руки посягнули на её заветную Святыню. Святые мощи Преподобного Сергия в 1919 году распоряжением властей переданы в музей.